可用于PEG修饰的目标蛋白质包括：

重组蛋白质：如重组细胞因子、重组酶类、重组激素等
；
合成的肽段：药用多肽及多肽偶联物等
；
抗体片段：Fab、scFv、纳米抗体等。

蛋白质序列的翻译后修饰分析包括信号肽分析、亚细胞定位预测、糖基化修饰分析等。这些性质在一定程度上可以通过蛋白质序列分析进行预测，并且与蛋白质的结构和功能密切相关：

羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网，从而通过确定其亚细胞定位预测其功能
；

亚细胞定位与功能相关：因为蛋白质需要在特定的细胞位置与相应的蛋白质发生相互作用，才能发挥特定的生物学功能。如果蛋白质未能定位至正确的细胞位置，还可能导致细胞功能异常，并与癌症、阿尔茨海默病等疾病的发生发展相关。

细菌的细胞外（extracellular）蛋白可以沿着类似的default pathway进入真核生物细胞，或通过与某些真核生物蛋白形成复合体进入特定亚细胞位置，从而激发或抑制特定细胞功能，对疾病治疗与预防（如癌症治疗、疫苗及生物制剂药物开发）具有重要意义
；

蛋白质的磷酸化和去磷酸化几乎调节着生命活动的所有过程，包括细胞的增殖、发育和分化，神经活动，肌肉收缩，新陈代谢，肿瘤发生等。尤其在细胞应答外界刺激时，蛋白质磷酸化是目前所知最主要的信号传递方式，如中枢神经系统中几乎所有兴奋性神经递质信号受体调控都依赖磷酸化与去磷酸化。

选择合适的PEG分子：以获得较好的药代动力学特性
；

选择可靠的供应商：以保障原料来源的品质及稳定性
；

选择恰当的反应基团：以保障修饰位点的特异性，从而最大限度保持药物的生物学活性
；

选择最佳的修饰条件：如缓冲液体系、pH、时间等，以保障尽量高的修饰率与活性保留比例，降低原料成本
；

建立合理的分离工艺：去除未修饰蛋白的残留。由于PEG修饰总会导致蛋白质活性下降，高活性的痕量未修饰蛋白会严重干扰修饰后样品的活性，并导致用药时的困难。

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